Ústav politologie se ve svých vědeckých aktivitách snaží postihnout fenomén politiky v celé jeho šíři. Zároveň se badatelé ÚPOLu orientují na otázky a přístupy ke studiu politiky, které jsou v české politologii stále opomíjeny. Samotný výzkum se zaměřuje na čtyři oblasti: politickou filozofii a teorii, teorii mezinárodních vztahů, českou politickou historii a komparativní politologii.
V oblasti politické teorie a filozofie se výzkum orientuje primárně na soudobé diskuze o povaze liberální demokracie a jejich alternativách (republikanismus, populismus, radikální demokracie). Mezi další významné oblasti badatelského zájmu patří současný post-marxismus, diskursivní analýza a teorie ideologií.
V oblasti mezinárodních vztahů se výzkum zaměřuje především na metateoretické předpoklady klíčových teorií mezinárodních vztahů. Zároveň se pokouší o jejich aplikaci (a hledání limitů této aplikace) na studium mezinárodních konfliktů, terorismu, sociálních hnutí a dalších témat. Tématem analýzy jsou také ideologická východiska zahraničních politik (zejména USA a ČR).
V oblasti české politické historie se výzkum zaměřuje na srovnávací české politické dějiny 19. a 20. století, historický vývoj českých stranických, parlamentních a správních struktur v kontextu středoevropských a evropských dějin. Dále se výzkum také orientuje na české a středoevropské politické myšlení, analytická studia rozvoje, formování a uplatnění ideologií v prostředí české politiky, jak je prezentují jak aktivní politici, tak politizující struktury z řad intelektuálů, představitelů ekonomických a kulturních kruhů.
Výzkum v oblasti komparativní politologie se zaměřuje především na rozvoj oboru od behavioralismu po nový institucionalismus s důrazem na tranzitologické teorie, teorie nedemokratických režimů, vztahy mezi armádou a politikou v rozvojových zemích, teorii totalitarismu a ústavní inženýrství. Hlavními regiony našeho zájmu jsou střední a východní Evropa, latinská Evropa a Amerika a pacifický region.